دفترچه انتخاب رشته کنکور سراسری 98 برای 5 گروه آزمایشی ریاضی، تجربی، انسانی، هنر و زبان های خارجی، پس از اعلام نتایج اولیه بر روی سایت سازمان سنجش به نشانی www.sanjesh.org قرار داده می شود. زمان اعلام نتایج اولیه کنکور سراسری 98 در دهه دوم مرداد ماه می باشد. لازم است داوطلبان قبل از شروع به انتخاب رشته، دفترچه انتخاب رشته کنکور سراسری 98 را مطالعه کنند. دفترچه انتخاب رشته شامل کلیه رشته های با آزمون و بدون آزمون دانشگاه های روزانه، نوبت دوم، پیام نور، غیرانتفاعی و پردیس خودگردان می باشد و رشته های تحصیلی دانشگاه آزاد در دفترچه ای جداگانه و از طریق سیستم اطلاع رسانی دانشگاه آزاد به نشانی azmoon.org منتشر می شود. پس از اعلام نتایج سامانه انتخاب رشته کنکور سراسری 98 در سایت سنجش باز می شود و داوطلبان مجاز به انتخاب رشته می توانند حداکثر 150 رشته از دانشگاه های روزانه، نویت دوم، پیام نور، غیرانتفاعی و پردیس خودگردان را انتخاب و در فرم انتخاب رشته خود وارد نمایند. داوطلبانی مجاز به انتخاب رشته می باشند که در کنکور سراسری 98 شرکت کرده و طبق کارنامه اولیه مجاز به انتخاب رشته شده اند. متقاضیان رشته هایی که پذیرش آن ها بر اساس سوابق تحصیلی (رشته های بدون کنکور) است نیاز به حضور در جلسه آزمون و انتخاب رشته ندارند.
انتخاب رشته کنکور سراسری 98 و دانشگاه آزاد 98 به صورت جداگانه می باشد. زمان انتخاب رشته کنکور سراسری دانشکاه آزاد 98، لیست رشته های تحصیلی دانشگاه آزاد در دفترچه ای جداگانه تحت عنوان دفترچه انتخاب رشته دانشگاه آزاد از طریق سایت azmoon.org منتشر می شود و همه ی داوطلبان می توانند برای انتخاب رشته این دانشگاه، به سایت ذکر شده مراجعه کنند و پس دریافت دفترچه، انتخاب رشته خود را انجام دهند.
سه بخش در دفترچه انتخاب رشته کنکور سراسری 98 (گروه های آزمایشی ریاضی، تجربی، انسانی، هنر و زبان های خارجی) وجود دارد: